Il s'agit des aventures d'un petit garçon de 7-8 ans qui en dépit de son âge est détective.
Enfin non, ce n'est pas tout à fait ça... Mais reprenons au début.
Shinichi Kudo, élève de 16 ans en première au Lycée Tivedétec ( ils sont allés chercher loin!!! ) a pour passe temps peu commun celui de détective. Il faut dire qu'il est assez brillant au point que la police a confiance en son jugement et que la plupart des affaire compliquées passent par lui. Certes il n'a que 16 ans mais il a été bercé par les livres policiers parmi lesquels ceux de son père grand écrivain du genre polar, ce qui a aiguisé son sens de l'observation et sa réflexion.
Bref, ce jeune homme est par ailleurs très amoureux de la belle Ran Mouri qui est dans la même classe que lui. Mais étant timide, il n'ose lui dire ces sentiments et se retranche derrière les histoires de Conan Doyle.
Mais un jour, il surprend des malfaiteurs faisant chanter le président d'une société et découvrant ainsi un trafic d'armes. Malheureusement il est appréhendé et assomé. par un des malfras. Lequel lui injecte un poison expérimental, tellement expérimental qu'il n'a jamais été testé sur un être humain.
En se réveillant, Conan a une surprise de taille! C'est le cas de le dire car justement, il a rétréci ou plutôt rajeuni...
Il a désormais 7-8 ans et personne ne le prend plus au sérieux. Il va se réfugier chez Ran dont le père est détective. Il se dit qu'en restant chez un détective il aurait une chance de découvrir ce qui lui est arrivé. Mais bon malheureusement, le père de Ran est comme qui dirait un piètre détective...
Conan sera soutenu par un ami professeur qui lui demandera de ne révèler son identité à personne et même pas à Ran!
Conan se lance dans la poursuite des malfrats pour leur volé le poison qu'ils lui ont injecté et ainsi fabriqué l'antidote. C'est avec l'aide du professeur Agasa et à travers des enquêtes que Conan va découvrir le grand dessein qu'il y a derrière cet empoisonnement...